{"id":1549,"date":"2021-07-07T03:08:05","date_gmt":"2021-07-07T03:08:05","guid":{"rendered":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/?page_id=1549"},"modified":"2021-11-23T03:33:30","modified_gmt":"2021-11-23T03:33:30","slug":"analisis-bioinformatico","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/analisis-bioinformatico\/","title":{"rendered":"An\u00e1lisis bioinformatico"},"content":{"rendered":"\t\t<div data-elementor-type=\"wp-page\" data-elementor-id=\"1549\" class=\"elementor elementor-1549\" data-elementor-settings=\"[]\">\n\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-section-wrap\">\n\t\t\t\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-90ad509 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"90ad509\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-0dd25cf\" data-id=\"0dd25cf\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-dbbdce8 elementor-widget elementor-widget-heading\" data-id=\"dbbdce8\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"heading.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<h2 class=\"elementor-heading-title elementor-size-default\">Metodolog\u00eda<\/h2>\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-a541569 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"a541569\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-66 elementor-top-column elementor-element elementor-element-8f5cd04\" data-id=\"8f5cd04\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-1f9e6f3 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"1f9e6f3\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\">Las enzimas, son prote\u00ednas que permiten catalizar diversas funciones biol\u00f3gicas. Cada una de estas macromol\u00e9culas est\u00e1 formada por una secuencia de amino\u00e1cidos, su unidad b\u00e1sica, que le otorga diversas caracter\u00edsticas, composiciones, estructuras, entre otros. Es por esto, que la secuencia de cada enzima determina su funci\u00f3n y desempe\u00f1o, siendo de gran inter\u00e9s para el estudio y an\u00e1lisis de cada una. Esta secuencia aminoac\u00eddica adem\u00e1s de otorgar propiedades espec\u00edficas tambi\u00e9n proporciona una estructura a cada prote\u00edna, donde dicho plegamiento tiene directa relaci\u00f3n con la funcionalidad e interacci\u00f3n de la enzima. Es por esto, que es de gran inter\u00e9s la creaci\u00f3n de una herramienta capaz de realizar b\u00fasqueda de enzimas para una funci\u00f3n determinada. Actualmente, dicha informaci\u00f3n de secuencia y estructura de las prote\u00ednas se encuentran alojadas en bases de datos de acceso libre a nivel mundial. Raz\u00f3n por la cual, estos repositorios contienen una gran cantidad de informaci\u00f3n.<\/p><p style=\"text-align: justify;\">Uno de los objetivos fundamentales del an\u00e1lisis de secuencias es la deducci\u00f3n asociada al conocimiento relativo a la estructura y funci\u00f3n de estas mediante la comparaci\u00f3n de sus secuencias primarias. Cuando un conjunto de prote\u00ednas presenta secuencias similares se puede hipotetizar que poseen la misma funci\u00f3n o el mismo sustrato, as\u00ed tambi\u00e9n, se pueden clasificar familias de prote\u00ednas de acuerdo con su estructura terciaria, considerando m\u00e1s relevante la exposici\u00f3n de residuos que dicho plegamiento presente, siendo estos los que le otorguen una actividad enzim\u00e1tica espec\u00edfica. Los an\u00e1lisis de miner\u00eda de datos llevados a cabo en secuencias de prote\u00ednas y en su estructura permiten revelar patrones comunes que se encuentran asociados a una determinada funci\u00f3n biol\u00f3gica (Chen et al., 2004). Es por esto, que caracterizar dichos motivos conservados es primordial para determinar el desempe\u00f1o de cada enzima.<\/p><p style=\"text-align: justify;\">Por lo anteriormente se\u00f1alado, la metodolog\u00eda utilizada para la selecci\u00f3n de enzimas se basa en el an\u00e1lisis de secuencias proteicas, incluyendo tambi\u00e9n un an\u00e1lisis de sus estructuras tridimensionales. Esta metodolog\u00eda se divide en 4 principales pasos:<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-33 elementor-top-column elementor-element elementor-element-310f2e3\" data-id=\"310f2e3\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-c9f5e37 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"c9f5e37\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p><strong>SUB MENU<\/strong><\/p><ul><li><a href=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/resultados-1\/\">Resultado 1<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/resultados-2\/\">Resultado 2<\/a><\/li><li><a href=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/resultados-3\/\">Resultado 3<\/a><\/li><\/ul>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-644321e elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"644321e\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-ae9ec14\" data-id=\"ae9ec14\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-46e3df1 elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"46e3df1\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"568\" height=\"292\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/grafico_analisis_bio.png\" class=\"attachment-full size-full\" alt=\"\" loading=\"lazy\" srcset=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/grafico_analisis_bio.png 568w, https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/grafico_analisis_bio-300x154.png 300w\" sizes=\"(max-width: 568px) 100vw, 568px\" \/>\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-f05b823 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"f05b823\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-e59b426\" data-id=\"e59b426\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-30d91e6 elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"30d91e6\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-321fe9e elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"321fe9e\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container 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data-id=\"63c16f0\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\"><strong>Paso 1<\/strong> &#8211; An\u00e1lsis de secuencias: El objetivo final de nuestro servicio es obtener diversas enzimas con aplicaciones en la industria. En consideraci\u00f3n a esto, se seleccionan todas las secuencias de bacterias conocidas actualmente y posteriormente, se realiza una caracteriaci\u00f3n de cada secuencia en base a la presencia de patrones, motivos, familia, superfamilia y otros. Dicha informaci\u00f3n se obtuvo desde diferentes bases de datos de acceso libre, adem\u00e1s del procesamiento de estas secuencias obteniendo as\u00ed, diversos descriptores moleculares<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-aeef6fd\" data-id=\"aeef6fd\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-98dabca elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"98dabca\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\"><strong>Paso 2<\/strong> &#8211; Base de Datos Local: Con la finalidad de obtener un sistema que permita clasificar toda la informaci\u00f3n disponible de cada prote\u00edna, es que se cre\u00f3 una herramienta bioinform\u00e1tica que caracteriza mediante diversos descriptores moleculares todas las secuencias que conten\u00eda la base de datos de UNIPROT al a\u00f1o 2019, o sea, 560.000 secuencias de amino\u00e1cidos. Dichos descriptores corresponden a caracter\u00edsticas fisicoqu\u00edmicas, moleculares, de funci\u00f3n y estructura de cada prote\u00edna, los que fueron obtenidos desde lenguajes de programaci\u00f3n como R o Python, bases de datos, literatura y otros. Siendo un total de 39 descriptores moleculares que definen a cada secuencia, por lo tanto, la base de datos local desarrollada contiene 17.360.000 datos aproximadamente. Con esta informaci\u00f3n, el sistema permite obtener un ranking de las prote\u00ednas que seg\u00fan su caracterizaci\u00f3n de secuencia y estructura tienen una funci\u00f3n putativa.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-inner-section elementor-element elementor-element-00e569f elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"00e569f\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-5e2b398\" data-id=\"5e2b398\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-1f1323e elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"1f1323e\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\"><strong>Paso 3<\/strong> &#8211; An\u00e1lisis Estructural: A nivel evolutivo, la estructura de una mol\u00e9cula tiende a conservar en mayor nivel su forma ancestral que a nivel de secuencia, ya que esta \u00faltima es m\u00e1s factible de sufrir cambios y mutaciones en el tiempo (Thilakaraj et al., 2007). La mayor\u00eda de las prote\u00ednas han evolucionado para realizar funciones espec\u00edficas que dependen de la estructura tridimensional que adoptan mediante patrones definidos de residuos conservados en secuencias de amino\u00e1cidos que se caracterizan por ser divergentes. Esta necesidad surge de mantener estructuras terciarias con el requisito de conservar los residuos implicados en la funci\u00f3n (N\u00fa\u00f1ez, 2004)<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-b0397dd\" data-id=\"b0397dd\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-c235d4d elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"c235d4d\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\"><strong>Paso 4<\/strong> &#8211; Enzimas Seleccionadas: Con relaci\u00f3n a lo anterior, cuando tenemos una prote\u00edna ya identificada\/utilizada en un proceso industrial se caracteriza en nuestro sistema bioinform\u00e1tico y una vez obtenida su clasificaci\u00f3n, permite obtener el ranking de secuencias ya descrito y como paso final, se realiza una comparaci\u00f3n estructural que valida la selecci\u00f3n de las prote\u00ednas de inter\u00e9s. Obteniendo as\u00ed, las enzimas seleccionadas con posible funci\u00f3n industrial.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-32a3daa elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"32a3daa\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-e8af87d\" data-id=\"e8af87d\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-5398212 elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"5398212\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-0f8811a elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"0f8811a\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-54c7b36\" data-id=\"54c7b36\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-a69251f elementor-widget elementor-widget-heading\" data-id=\"a69251f\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"heading.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<h2 class=\"elementor-heading-title elementor-size-default\">Tipos de enzimas<\/h2>\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-inner-section elementor-element elementor-element-5f61f55 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"5f61f55\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-0e0b6e9\" data-id=\"0e0b6e9\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-13bef38 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"13bef38\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\">En consideraci\u00f3n a las aplicaciones que tienen las enzimas y que se encuentran se\u00f1aladas en la secci\u00f3n \u201cEnzimas Industriales\u201d, la clasificaci\u00f3n que estas presentan en nuestra base de datos corresponde a 11 grupos de enzimas.<\/p><p>\u00a0<\/p><p style=\"text-align: justify;\">Los diferentes grupos de enzimas se pueden clasificar como organismos GRAS o no GRAS (GRAS es el acr\u00f3nimo de \u201cGeneralmente reconocido como seguro\u201d, donde la FDA aprueba ciertas sustancias que son agregadas como \u201cseguras\u201d). As\u00ed tambi\u00e9n, se detalla a continuaci\u00f3n la funci\u00f3n biol\u00f3gica realizada, la que le otorga las diferentes aplicaciones industriales.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-d820c31\" data-id=\"d820c31\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-b3d55af elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"b3d55af\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"677\" height=\"695\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/Captura-de-Pantalla-2021-10-25-a-las-15.43.09.png\" class=\"attachment-large size-large\" alt=\"\" loading=\"lazy\" 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data-id=\"bb0523b\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-f5fa0c1 elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"f5fa0c1\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-79519bc elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"79519bc\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-66 elementor-top-column elementor-element elementor-element-c2244d4\" data-id=\"c2244d4\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-b097405 elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"b097405\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"668\" height=\"1024\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/bd-enzima-2-668x1024.png\" class=\"attachment-large size-large\" alt=\"\" loading=\"lazy\" srcset=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/bd-enzima-2-668x1024.png 668w, https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/bd-enzima-2-196x300.png 196w, 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class=\"elementor-heading-title elementor-size-default\">Base de Datos Local<\/h3>\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-892d30b elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"892d30b\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\">En relaci\u00f3n con el gran conjunto de datos obtenidos por la caracterizaci\u00f3n de cada secuencia, se procede a crear una base de datos local que se encuentra alojada en servidores institucionales. Esta base de datos contiene informaci\u00f3n correspondiente a la (1) caracterizaci\u00f3n de secuencia seg\u00fan diferentes descriptores moleculares, (2) predicci\u00f3n estructural acorde a su composici\u00f3n aminoac\u00eddica, (3) clasificaci\u00f3n de dominio obtenido desde las bases de datos p\u00fablicas y (4) organismo de origen que permite definir caracter\u00edsticas extrem\u00f3filas. Todas estas tablas de contenidos convergen en la tabla \u201cProte\u00edna\u201d, que permite identificar de forma un\u00edvoca cada secuencia para obtener posteriormente el detalle de estas enzimas.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-c1bd13a elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"c1bd13a\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-893aa25\" data-id=\"893aa25\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-dc09412 elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"dc09412\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-4a61ce3 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"4a61ce3\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-ef8ae2f\" data-id=\"ef8ae2f\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-7b9943b elementor-widget elementor-widget-heading\" data-id=\"7b9943b\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"heading.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<h3 class=\"elementor-heading-title elementor-size-default\">Modelo por Homolog\u00eda<\/h3>\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-bb120e5 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"bb120e5\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\">El proceso de modelado por homolog\u00eda es c\u00edclico, por lo cual, se procede a realizar un gran n\u00famero de veces la repetici\u00f3n de cada paso con el prop\u00f3sito de obtener un modelo confiable.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Este refinamiento se genera a partir de la secuencia aminoac\u00eddica, la misma que fue caracterizada previamente, y se genera un alineamiento m\u00faltiple, permitiendo de esta manera la obtenci\u00f3n de modelos tridimensionales que presenten su configuraci\u00f3n. Luego, se construye un primer modelo estructural y se valida este, mediante an\u00e1lisis descritos en literatura y que var\u00edan seg\u00fan el software utilizado.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">La cantidad de modelos obtenidos var\u00eda dependiendo de los ciclos que se repiten estos pasos, entregando como resultado n modelos refinados, los cuales se priorizan y se selecciona aquel que presenta los mejores patrones.<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-8bfbd69 elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"8bfbd69\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figure class=\"wp-caption\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"584\" height=\"434\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/modelo_x_homologia.png\" class=\"attachment-large size-large\" alt=\"\" loading=\"lazy\" srcset=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/modelo_x_homologia.png 584w, https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/modelo_x_homologia-300x223.png 300w\" sizes=\"(max-width: 584px) 100vw, 584px\" \/>\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figcaption class=\"widget-image-caption wp-caption-text\">Una vez seleccionado los modelos, se comparan las estructuras con el modelo tridimensional de la enzima comercial, de esta forma, se busca que el sitio activo se conserve al igual que su funci\u00f3n.<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-9bd621b elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"9bd621b\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-c0fa9be\" data-id=\"c0fa9be\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-7f65ec4 elementor-widget elementor-widget-spacer\" data-id=\"7f65ec4\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"spacer.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-spacer\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-spacer-inner\"><\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-top-section elementor-element elementor-element-1b91cf4 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"1b91cf4\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-100 elementor-top-column elementor-element elementor-element-e4192b0\" data-id=\"e4192b0\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-a5440eb elementor-widget elementor-widget-heading\" data-id=\"a5440eb\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"heading.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t<h3 class=\"elementor-heading-title elementor-size-default\">Clustering \u2013 M\u00e9todo k-means<\/h3>\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-ff82277 elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"ff82277\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p style=\"text-align: justify;\">El tipo de clustering seleccionado para el an\u00e1lisis de datos proteicos es el m\u00e9todo k-means. K-Means es un tipo de aprendizaje no supervisado, que se utiliza cuando tienes datos no etiquetados, es decir, datos sin categor\u00edas o grupos definidos. El objetivo de este algoritmo es encontrar grupos en los datos, los puntos de datos se agrupan seg\u00fan la similitud de caracter\u00edsticas.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">K-Means es un m\u00e9todo relativamente eficiente, sin embargo, debemos especificar el n\u00famero de cl\u00fasteres de antemano, y los resultados finales son sensibles a la inicializaci\u00f3n y, a menudo, terminan en un \u00f3ptimo local. Lamentablemente, no existe un m\u00e9todo te\u00f3rico global para encontrar la cantidad \u00f3ptima de cl\u00fasteres. Un enfoque pr\u00e1ctico es comparar los resultados de m\u00faltiples ejecuciones con diferentes K y elegir la mejor basada en un criterio definido.<\/p>\n<p style=\"text-align: justify;\">Este es un algoritmo r\u00e1pido, robusto y simple que proporciona resultados confiables cuando los conjuntos de datos son distintos o bien separados entre s\u00ed de forma lineal. A continuaci\u00f3n, se presenta el algoritmo de clusterizaci\u00f3n utilizada en el pipeline bioinform\u00e1tico, donde los pasos de ejecuci\u00f3n que los componen son:<\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-inner-section elementor-element elementor-element-5857520 elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"5857520\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-2921191\" data-id=\"2921191\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-e3d2008 elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"e3d2008\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figure class=\"wp-caption\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"189\" height=\"148\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/1.png\" class=\"attachment-large size-large\" alt=\"\" loading=\"lazy\" \/>\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figcaption class=\"widget-image-caption wp-caption-text\">1) Agrupa los datos en K grupos, donde K est\u00e1 predefinida.<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-8717d3e\" data-id=\"8717d3e\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-1070551 elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"1070551\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figure class=\"wp-caption\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"195\" height=\"157\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/2.png\" class=\"attachment-large size-large\" alt=\"\" loading=\"lazy\" \/>\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figcaption class=\"widget-image-caption wp-caption-text\">2) Selecciona K puntos al azar como centros de grupo.<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<section class=\"elementor-section elementor-inner-section elementor-element elementor-element-2770ddf elementor-section-boxed elementor-section-height-default elementor-section-height-default\" data-id=\"2770ddf\" data-element_type=\"section\">\n\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-container elementor-column-gap-default\">\n\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-19f2cd0\" data-id=\"19f2cd0\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-3b975aa elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"3b975aa\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figure class=\"wp-caption\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"195\" height=\"161\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/3.png\" class=\"attachment-large size-large\" alt=\"\" loading=\"lazy\" \/>\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figcaption class=\"widget-image-caption wp-caption-text\">3) Asigne objetos a su centro de cl\u00faster m\u00e1s cercano seg\u00fan la distancia.\n4) Calcule el centroide o la media de todos los objetos en cada grupo.<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-column elementor-col-50 elementor-inner-column elementor-element elementor-element-72b3e49\" data-id=\"72b3e49\" data-element_type=\"column\">\n\t\t\t<div class=\"elementor-widget-wrap elementor-element-populated\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-3145744 elementor-widget elementor-widget-image\" data-id=\"3145744\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"image.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figure class=\"wp-caption\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<img width=\"198\" height=\"170\" src=\"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-content\/uploads\/2021\/10\/4.png\" class=\"attachment-large size-large\" alt=\"\" loading=\"lazy\" \/>\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<figcaption class=\"widget-image-caption wp-caption-text\">Repita los pasos 2, 3 y 4 hasta asignar los mismos puntos a cada grupo en rondas<\/figcaption>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/figure>\n\t\t\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-element elementor-element-757288a elementor-widget elementor-widget-text-editor\" data-id=\"757288a\" data-element_type=\"widget\" data-widget_type=\"text-editor.default\">\n\t\t\t\t<div class=\"elementor-widget-container\">\n\t\t\t\t\t\t\t\t<p><strong>Este procedimiento se debe repetir tantas veces hasta que se encuentren el agrupamiento de datos \u00f3ptimos. En ocasiones se deber\u00e1 cambiar el valor de K para mejorar los resultados.<\/strong><\/p>\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t<\/section>\n\t\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t\t\t\t<\/div>\n\t\t","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Metodolog\u00eda Las enzimas, son prote\u00ednas que permiten catalizar diversas funciones biol\u00f3gicas. Cada una de estas macromol\u00e9culas est\u00e1 formada por una secuencia de amino\u00e1cidos, su unidad b\u00e1sica, que le otorga diversas &#8230;<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1549"}],"collection":[{"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1549"}],"version-history":[{"count":45,"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1549\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1659,"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1549\/revisions\/1659"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/protechlab.cl\/enzimas-industriales\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1549"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}